El Tribunal Supremo ha emitido tres sentencias en las que avala la decisión de la Junta de no subvencionar a los colegios que segregan a sus alumnos por sexo y ha anulado anteriores resoluciones del Tribunal Superior de Justicia de Andalucía (TSJA) que les reconoció el derecho. El Supremo, en tres sentencias relativas a los colegios Ribamar de Sevilla, Molino Azul de Lora del Río (Sevilla) y Elcható de Brenes (Sevilla), considera legal la decisión de la Junta, que en el 2009 no renovó los respectivos conciertos educativos, así como la condición de no segregación impuesta para la renovación en sucesivos años escolares.

El tribunal analiza su jurisprudencia anterior y recuerda que "nadie pone en duda la legitimidad del sistema de educación diferenciada", pero "cuestión distinta" es que, a partir de la entrada en vigor de la Ley Orgánica 2/06 de Educación, sea posible que esos centros "puedan tener la condición de concertados con fondos públicos, cuando expresamente en el régimen de admisión de alumnos se prohíbe la discriminación por razón de sexo". La imposibilidad de obtener conciertos "tampoco perturba ningún derecho constitucional de los padres, que conservan el derecho de libre elección de centro, y el de los titulares de la creación de centros con ideario o carácter propio", añade el Supremo.

La sentencia recuerda que las normas internacionales "dejan abierta la cuestión" sobre la educación separada, y considera significativo que las normas reguladoras del régimen de admisión de alumnos en los centros públicos y concertados "no hayan incluido hasta ahora el sexo entre los motivos por los que no se puede discriminar a los alumnos". Según datos de septiembre del 2012, en Andalucía existen doce centros educativos que diferencian al alumnado por sexo y en ellos estudian 3.159 alumnos de los 1.869.435 que componen el sistema educativo de la comunidad.