La investigación geológica en la Cueva de Nerja aborda una nueva fase con la instalación de sistemas de control de temperatura, humedad, presión y gases en las zonas no visitables de la cavidad, estudio de la alteración de las estalactitas y estalagmitas a causa del mal verde y, finalmente, contrastarán si efectivamente la lluvia que cae en el invierno no llega a la cavidad hasta el verano.

Aunque la Cueva de Nerja goza de "muy buena salud", en opinión de Francisco Carrasco, hidrogeólogo de la Universidad de Málaga, la apertura al público, los sistemas de iluminación, el incremento de temperatura y presencia de elementos extraños al medio (desde cableados a maderas de los pasillos), además de las visitas implican riesgo de degradación "que es necesario valorar". Este trabajo se realizará con el apoyo del equipo de expertos en láser del Departamento de Física Aplicada de la UMA que dirige Javier Laserna. Hace ya años se hizo una primera exploración y se puso a punto la metodología. "Ahora queremos continuar en determinados puntos en los que se ha visto deterioro de la roca" provocado por el mal verde, originado por microorganismos que al realizar la fotosíntesis gracias a la luz artificial pueden alterar las características naturales del recinto.

El sistema consiste en aplicar un láser que, a través de técnicas de espectrofotometría, permite conocer la composición y profundidad de la lámina del material depositado sobre paredes, estalagtitas y estalacmitas.

Francisco Carrasco, que dirige las investigaciones geológicas en Nerja junto al experto en clima de la Universidad de Almería José María Calaforra, afirma que esta es una cueva "madura". El goteo de agua, que es el actor principal en las cavidades, es muy moderado. No obstante, la filtración lenta de la lluvia a través de fisuras y huecos de los mármoles dolomíticos de la zona todavía son incrustantes. Es decir, contribuyen al crecimiento de estalactitas y estalagmitas, no a su disolución.

En estos estudios sobre el agua se ha apreciado que las lluvias que caen en la zona en invierno no alcanzan la cueva hasta el verano. La primera prueba de este lento recorrido la aportó la evidencia de que los niveles de potasio anormalmente altos de la lluvia invernal no se apreciaban en la cueva hasta el verano. En esta nueva fase de investigación los geólogos pretenden corroborar este hecho utilizando trazadores naturales: restos de materia orgánica disueltos que sometidos a determinadas técnicas son fluorescentes y hacen posible, por ejemplo, comprobar la presencia de carbono mineralizado por el contacto prolongado con la roca.

Finalmente, en esta nueva fase se extenderán los sistemas permanentes que actualmente controlan la temperatura, humedad del aire, presión atmosférica, niveles de dióxido de carbgono y de radón (gas que exhala la roca y que sirve de índice de ventilación) existentes en la zona visitable hasta las galerías altas y nuevas, que suponen dos terceras partes del complejo.

Los estudios geológicos en la Cueva de Nerja codirigidos por Francisco Carrasco y José María Calaforra, se desarrolla junto a la geóloga de la fundación gestora de la cavidad, Cristina Liñán, y los investigadores del grupo de Hidrogeología de la Universidad de Málaga. Además, el comité científico cuenta con equipos de arqueólogos y biológos que desarrollan sus propios proyectos. La cueva cuenta desde 2008 con un plan científico que aborda la geología, biología y arqueología sostenido con fondos propios.