El desarrollo del transporte marítimo durante el siglo XIX, con la aplicación de los motores de vapor a la navegación y el aumento del tamaño de los buques mercantes, dejó obsoleto el antiguo muelle malagueño e hizo necesario la construcción de un nuevo puerto adaptado a las necesidades de la navegación moderna, tanto en la longitud y calado de los muelles como en la prestación de servicios auxiliares de carboneo, grúas, almacenes o vías férreas. Después de la constitución de la junta de obras del Puerto en 1874, el ingeniero Rafael Yagüe diseñó un primer proyecto que contemplaba la construcción de nuevos muelles ganando terreno al mar y procurando proteger la dársena de los aterramientos provocados por las inundaciones del río Guadalmedina. Las obras se subastaron en 1878, pero las empresas adjudicatarias tuvieron problemas que llevaron a la realización de un nuevo proyecto reformado a cargo de Francisco Prieto (1888) y al comienzo de las obras en 1889.

No fue hasta 1897 cuando se terminaron las obras de los muelles, que habían tenido un coste acumulado de más de 16,5 millones de pesetas de la época. En los años siguientes continuó el equipamiento de las instalaciones y el adoquinado de los muelles, por ejemplo, no quedó terminado hasta 1902. El historiador Víctor Heredia explicó que la construcción del nuevo puerto dio lugar a una vía que rodeaba el recinto y marcaba su límite con la ciudad , denominada Paseo de Cintura del Puerto , y que se transformó posteriormente en dos importantes avenidas urbanas: la avenida de Manuel Agustín Heredia y el Paseo de los Curas. Éste último era entonces un paseo terrizo en el que se habían plantado dos hileras de plátanos orientales y que con el tiempo han formado una barrera arbórea que protege el ecosistema del Parque de los vientos procedentes del mar.

En 1921 se redactó el proyecto para levantar una verja de cerramiento en la parte de levante, obra que fue recepcionada en 1926, que es cuando realmente el puerto quedó separado por la valla metálica, según el experto. La parte occidental del puerto se valló en 1935 y la verja del Muelle de Heredia fue reubicada en 1943 en su alineación actual. En la foto aparece una perspectiva del muelle número 2 del puerto con las mercancías en barriles y cajas preparadas para su embarque o para su traslado a su destino en tierra. En esa época el movimiento de mercancías se realizaba aún mediante carros tirados por bestias y todo se gestionaba desde el histórico tinglado de hierro que los comerciantes malagueños costearon en 1847, con un importe de 12.000 pesos. Fue desmontado en la década de 1940, por la necesidad de tender vías férreas y de construir unos tinglados más modernos.

A principios del siglo XX el puerto malagueño fue escenario del contrabando de armas hacia Marruecos y con destino a los países beligerantes en la I Guerra Mundial. Por ejemplo, en enero de 1916 fueron descubiertos casi 4.000 fusiles ocultos en un cargamento de adornos para edificios. Este espacio del muelle dos del puerto se ha vuelto a poner de actualidad con la reciente inauguración del denominado Palmeral de las Sorpresas, que sustituye su anterior uso comercial y portuario por una nueva utilidad como zona de recreo y paseo, que albergará la futura sede del Aula del Mar.