Un informe elaborado por técnicos de la Junta de Andalucía ya alertó en el año 2008 de la pérdida de autonomía que estaba sufriendo la Cuenca Mediterránea Andaluza (CMA) y de la disminución de competencias. El documento se envió al PSOE de Málaga ante la "cada vez menor intervención" de la entidad, que fue transferida a la Junta de Andalucía en 2005, año en el que, según se señala en el informe, "hubo un primer intento de suprimir el organismo de cuenca, pero tras muchas tensiones se consiguió mantener bastantes de las antiguas competencias".

"Perder esta dirección general después de años de existencia como sede de la Confederación (en alusión a la Confederación Hidrográfica del Sur -CHS-) es un paso atrás que no debemos aceptar a cambio de las bagatelas que se nos van a ofrecer y que son funciones asesoras y mediadoras, pero en ningún caso ejecutivas", recoge el documento. Los responsables del escrito solicitan el aplazamiento de esta cuestión, la creación de un comité de expertos para diseñar un modelo más equitativo y se pide al PSOE malagueño que intervenga para evitar "este nuevo agravio". Entre las principales competencias de la CMA reflejadas en el escrito se recalca la elaboración del plan hidrológico, la gestión del dominio público-hidráulico, el control de los sistemas de explotación y la gestión de alrededor del 20% del total de inversiones de la Agencia Andaluza del Agua (AAA), aunque "limitado a obras de encauzamiento, regeneración hidrológico-forestal o conservación y mantenimiento de sistemas".

Sin embargo, se lamenta que todas las obras nuevas a partir de entonces, con financiación autonómica, pasaban a ser controladas por Sevilla. También se critica que en 2006 "se rompe la plantilla" de la extinta Confederación Hidrográfica del Sur (CHS) al crearse las direcciones provinciales -gestionadas por las delegaciones de Medio Ambiente en cada provincia- "que reciben gran parte del personal de las confederaciones y a las que se dan competencias que en muchos casos se solapan y confunden con las direcciones generales existentes en los estatutos de la Agencia Andaluza del Agua".

Igualmente, se destaca el cambio producido con los dos directores generales de la Agencia Andaluza del Agua anteriores -Juan Corominas y Jaime Palop- y cómo se iban conociendo borradores de nuevos estatutos "que cada vez eran más lesivos para los intereses de Málaga". "Se quiere dejar aquí una dirección general transversal, sin competencias territoriales y sin gestión alguna de presupuesto", explica, y añade que la última versión fue "la más dura", puesto que "se extingue la dirección general de Málaga y se asumen desde Sevilla todas las competencias gestionadas desde la Cuenca, además del control directo del presupuesto".