La sequía, que afecta notablemente a la agricultura en la Axarquía, amenaza también la situación de ecosistemas como el del humedal de la desembocadura del río Vélez. La falta de agua ha provocado ya una reducción de la laguna que existe en el curso bajo del río y en la que cada año se produce el anidamiento de una avifauna de un gran interés ornitológico.

El biólogo Rafael Yus explicó que esto puede afectar a partir de febrero en el paso de aves migratorias que usan este humedal para reponer fuerzas en su camino y que ya estaban teniendo dificultades en el entorno por los cambios que se han introducido en la agricultura de la zona. "La situación se agravará con el periodo de paso de las aves migratorias que pasan por allí. También les influye el tipo de agricultura que ahora hay allí, que no es la misma que había antes", expuso Yus, quien comentó que antes había "una fauna mucho más rica" como consecuencia "de la agricultura tradicional" que se daba en la zona, próxima al río y "en la que no existía el plástico de invernadero.

El tramo final del río Vélez siempre se ha caracterizado por los continuos encharcamientos que aportan un elevado valor para la observación de aves, sobre todo teniendo en cuenta las reducidas dimensiones del espacio. En este enclave, ubicado entre Torre del Mar y Almayate, se pueden encontrar diferentes especies de patos, zampullines, pardelas, cormoranes, garzas, flamencos, rapaces, polluelas, fochas y gallinetas, págalos, diferentes especies de gaviotas, chotacabras, vencejos, abubilla, abejaruco, carraca y una gran cantidad de paseriformes.

Entre las aves de largas migraciones destacan las limícolas que en algunos periodos del otoño y la primavera se pueden llegar a ver cerca de 20 especies distintas. De hecho, son muchos los expertos que coinciden en que el delta del río Vélez es de los mejores lugares de la provincia para su observación. Yus también denunció que no se están haciendo correctamente los desembalses ecológicos desde el pantano de La Viñuela que tienen como objetivo el sostenimiento de los ecosistemas del río. Según dijo, el agua que se libera desde la presa está sirviendo únicamente para rellenar los acuíferos de los que se nutre el riego agrícola.