La iglesia de Santa Clara aspira a convertirse en un espacio escénico más dentro del amplio abanico cultural con el que contará la ciudad de Antequera en pocos años. El alcalde de Antequera, Ricardo Millán, afirmó que "no se ha querido apretar a la empresa encargada de las obras, Hermanos Campano, porque en estos momentos no tenemos necesidad de tener ese espacio cultural. Sí lo necesitaremos como alternativa al Teatro Torcal, cuando éste comience las obras".

A pesar de ello, el primer edil aseguró que las obras de la segunda fase marchan a un "ritmo adecuado" y el proyecto ya tiene destinado un presupuesto para 2008 para continuar la tercera fase del Centro Cultural que contará con un auditorio para 200 personas. Hace tres años, el Ayuntamiento inició las obras en la capilla mayor del templo de forma urgente por peligro de derrumbe por la filtración del agua de lluvia. A partir de entonces, la Consejería de Cultura se hizo cargo de la remodelación con idea de convertirlo en el Centro Cultural de la ciudad.

La dirección de Bienes Culturales de la Junta de Andalucía adjudicó a Hermanos Campano esta segunda fase tras una inversión de 1,1 millones de euros, que se han destinado a la colocación de pavimento radiante en el templo y la sacristía y la remodelación de la casa conventual lindante para convertirla en sede de la Fundación Municipal de Cultura. En anteriores fases, la Consejería de Cultura sustituyó toda la cubierta de la nave principal y de la sacristía; restauró la espadaña, la fachada posterior de la iglesia, la portada y la fachada principal y reconstruyó la bóveda de medio cañón de la nave.