El vertido de aguas residuales urbanas e industriales es uno de los principales problemas ambientales que afectan al Guadalquivir, a cuyas aguas superficiales vierten 1.586 puntos que contaminan (ver gráfico adjunto). El problema es que tienen autorización oficial para unos caudales máximos determinados que no siempre se respetan.

El documento de propuesta del nuevo Plan Hidrológico del río, que debe aprobarse definitivamente este verano para recuperar la mayor parte del Guadalquivir en el año 2015, detalla la existencia 922 vertidos urbanos en aguas superficiales procedentes de 187 municipios que no tienen un nivel de depuración adecuado. La situación afecta a un 65% de las aglomeraciones urbanas de la demarcación por deficiencias en las depuradoras. El plan contempla, según los casos, renovarlas por completo, repararlas o hacerles mejoras.

En tramos de agua costera y de transición se destacan los vertidos urbanos de aguas residuales al tramo alto del estuario del Guadalquivir procedentes de los 24 municipios que conforman la capital sevillana y el área metropolitana, a través de tres colectores que vierten directamente.

El plan sostiene que hay 76 masas de agua (tramos) del Guadalquivir en mal estado por estos vertidos urbanos que restan oxigenación al agua (DBO5 es la cantidad de oxígeno empleado por los microorganismos en cinco días para descomponer la materia orgánica de las aguas residuales). Las medidas correctoras del plan en 2015 prevén acabar con esta situación, salvo en cinco tramos.

Por lo que respecta a los vertidos industriales al río, estos suman 664. Proceden de 623 industrias biodegradables, 24 industrias IPPC (no biodegradables) y 17 de sustancias peligrosas (no biodegradables), de las cuales cuatro vierten en aguas de transición y costeras (por ejemplo, Cobre Las Cruces a la altura de La Algaba). En este caso hay ocho masas de agua del Guadalquivir afectadas por sustancias peligrosas (mercurio, cianuro, plomo, fluoruro, selenio, cobre y zinc) procedentes de instalaciones con pasado minero. En esta situación se incluye, por ejemplo, el tramo alto del río Guadiamar, final del río Crispinejo y río de los Frailes; y el río Genil, según el anejo 10 del plan. En cinco de estos tramos (la cabecera del río Ojailén y cuatro puntos de la cuenca del río Guadiamar: el río Crispinejo aguas abajo del embalse del Agrio, el arroyo de los Frailes y el tramo bajo del Crispinejo y la cabecera del propio río Guadiamar, y los tramos medio y bajo del Guadiamar) se alarga la solución a 2021. El plan propone revisar las autorizaciones de las industrias, que vierten en su mayoría directamente a las redes de colectores.

Otra fuente de contaminación de aguas superficiales y subterráneas son los 106 vertederos de residuos autorizados, a menos de un kilómetro de aguas superficiales y con más de una hectárea; 15 vertidos de piscifactorías, dos de achique de minas y reboses de aguas en pozos de minas abandonadas que vierten al cauce, y tres vertidos de centrales térmicas.

La agricultura es el principal generador de sustancias nitrogenadas que terminan en los cauces y acuíferos, mientras el segundo lugar lo ocupan los vertidos urbanos e industriales. Se calcula que 23 tramos de agua superficial (5,8% del total) están afectados por las 1.240 toneladas al año de nitrógenos procedentes de actividades agrícolas y ganaderas que suponen fuentes difusas de contaminación.

Otra fuente de contaminación que cita el plan son las 638 gasolineras repartidas por los municipios de la Demarcación, algunas de las cuales vierten combustible por el mal estado de los depósitos, sobre todo en el caso de las 245 anteriores al año 1994.

El accidente ambiental de la Balsa de Boliden Apirsa en 1998 arrojó 5,5 millones de metros cúbicos de lodos tóxicos y aguas ácidas al cauce del río Guadiamar, en Sevilla. También contaminan las zonas quemadas, los espacios urbanos artificiales, las zonas recreativas y las praderas.