El australiano Casey Stoner (Honda RC 212 V) se aprovechó de los problemas que en un momento de la prueba tuvo el español Dani Pedrosa (Honda RC 212 V) para adjudicarse la victoria en el Gran Premio de Qatar disputado en el circuito de Losail. Aunque el campeón del mundo Jorge Lorenzo (Yamaha YZR M 1) realizó una muy buena salida, por delante de él se colocaron desde el principio los que debían ser los protagonistas de la carrera, Stoner y Pedrosa, que comenzaron a marcar un fuerte ritmo con constantes vueltas rápidas que les permitieron conseguir una ligera ventaja sobre sus rivales.

Inicialmente el ritmo lo marcó Casey Stoner, que se llevó tras su rebufo a Dani Pedrosa, Jorge Lorenzo y otros dos pilotos más de Honda, Andrea Dovizioso y Marco Simoncelli, quedando el resto de pilotos más rezagados ya desde los primeros compases de carrera. No había concluido ni la primera vuelta cuando la prueba de MotoGP ya perdió a uno de sus participantes, el francés Randy de Puniet, quien se fue por los suelos con su Ducati Desmosedici y a punto estuvo de ser arrollado por otros pilotos, momento que aprovechó el español Toni Elías (Honda RC 212 V) para ganar algunas posiciones, aunque no le duró demasiado esa situación al de Manresa.

Poco después, en la siguiente vuelta, también dijo adiós el compañero de equipo en la escudería Pramac, el italiano Loris Capirossi, con problemas técnicos en su Ducati Desmosedici. Delante, Stoner era el encargado de marcar el ritmo con Pedrosa pegado tras su estela, lo que propició que Jorge Lorenzo, que hizo una prueba de auténtica casta sabedor de que su moto era inferior a la de sus rivales, era tercero.

Antes de la carrera Lorenzo ya había asegurado que una tercera plaza podía ser un buen resultado y ya estaba ahí, con Marco Simoncelli, agresivo como siempre, y Andrea Dovizioso, algo más atrás, que luchaban por la cuarta plaza, con el nueve veces campeón del mundo Valentino Rossi (Ducati Desmosedici), que hizo una muy buena salida, un poco más atrás. Stoner fue delante hasta el sexto giro, en el que Pedrosa decidió pasar a la acción y se puso líder, pero el australiano no se separó en ningún momento de su rival, como si estuviese esperando el momento oportuno para superarlo, en tanto que Jorge Lorenzo no daba su brazo a torcer y se mantuvo lo más cerca que pudo de las potentes Honda oficiales.

Por entonces, tanto Dovizioso como Simoncelli habían dicho adiós a la lucha por el podio y se encontraban enfrascados en la pelea por la cuarta plaza, con constantes adelantamientos entre ellos, lo mismo que Rossi y el estadounidense Ben Spies (Yamaha YZR M 1) por la sexta, aunque el italiano aguantó lo que pudo hasta que su rival le doblegó y dejó, literalmente, clavado. Después de aguantar seis vueltas tras el español, Casey Stoner decidió pasar a la acción en la duodécima vuelta, en la que adelantó de manera espectacular pero con suficiencia a Pedrosa y cambió el ritmo para dejar en la estacada a su rival, que dio la impresión de tener problemas técnicos en su moto que le hicieron ralentizar mucho su ritmo, tanto que Jorge Lorenzo le acabó adelantando.

El australiano se escapó con suficiencia en pos de la victoria y entonces se produjo una pequeña pelea por la segunda plaza entre Lorenzo y Pedrosa, quien intentó aguantar el tipo, pero en apenas un par de vueltas arrojó el guante y se conformó con la tercera posición, mientras que Dovizioso se impuso a Simoncelli y Spies hizo lo propio con Valentino Rossi, quien se tuvo que conformar con el séptimo lugar en su primera carrera con Ducati. A escasamente dos vueltas del final la carrera de MotoGP perdió a otro de sus participantes, el español Toni Elías (Honda RC 212 V), que se fue por los suelos cuando era último, mientras que Héctor Barberá (Ducati Desmosedici), que llegó a ser sexto en los primeros minutos de carrera, acabó duodécimo.