Las cocinas hospitalarias son zonas de riesgo semicrítico de contaminación ambiental hacia el paciente, por lo que además de los cuidados que cualquier persona tendría en la manipulación de los alimentos, la higiene del centro sanitario es fundamental.

En la cocina hospitalaria la comida debe estar almacenada por genero en distintas neveras, así como es aconsejable utilizar distintos utensilios en la manipulación de los alimentos para evitar la contaminación cruzada. En el sistema de limpieza y desinfección se aplica una técnica húmeda y por arrastre. Y en lo que respecta al diseño de las instalaciones debe evitarse los espacios de difícil acceso, como recovecos, donde se acumule suciedad; y facilitar una cadena de trabajo siempre hacia delante, con una separación de zonas limpias y sucias . Además, según Maite Pelayo, del Consejo Asesor del Instituto Silestone, "es conveniente que el diseño contemple la instalación de Sistemas Pasivos de Seguridad Alimentaria". Esto se refiere a todos aquellos materiales y equipos de última generación que, instalados en la cocina, mejoran el nivel de seguridad microbiológica e higiene sin que se modifiquen sustancialmente los hábitos del manipulador. Dentro de este amplio grupo, encontramos materiales y revestimientos con tratamiento bacteriostático, herramientas y utensilios con protección antibacterial o dispensadores automáticos de agua y jabón con sensor.

Un gesto como lavarse las manos, por otro lado, puede salvar vidas, ya que se ha comprobado que ésta es la principal vía de distribución de los gérmenes entre las personas ingresadas. Cuidando solamente la higiene, se podrían evitar muchas enfermedades, especialmente aquéllas que se transmiten por contacto y algunas alimentarias, como la salmonella.