Isabel la Católica dejó a su muerte 100.000 maravedíes para la construcción de la iglesia de los Santos Mártires de Málaga en 1491. Más de 500 años después finaliza su rehabilitación para que vuelva a mostrar el lustro que tenía antes de 1931, recuperando el diseño y materiales de suelos originales y restaurando elementos ornamentales originales. Los trabajos para recuperar el templo han durado dos años y se inaugurará oficialmente el 22 de abril, con una misa que dirigirá el obispo de Málaga, Jesús Catalá. 

La financiación de la obra ha estado a cargo de la Diócesis casi en conjunto con la oficina de Rehabilitación Urbana del Instituto Municipal de la Vivienda del Ayuntamiento de Málaga –que ha financiado 906.796,49 euros–. Las obras han sido subvencionadas por el Consistorio por el importante valor histórico, artístico, patrimonial social del edificio. Han sido ejecutadas por la empresa Hermanos Campano, bajo la dirección del arquitecto técnico Pablo Pastor. 

Pastor ha destacado los trabajos en el suelo de la nave principal, cuyas baldosas de mármol blanco con encintado perimetral en mármol rojo crea una alfombra central de mármoles polícromos que respeta la disposición del selo del Prebisterio que se realizó en el siglo XVIII, sustituyendo el terrazo rojizo "de casa" que tenía antes de la rehabilitación. 

Importante también ha sido la cámara de aire que han instalado bajo el suelo de la nave central, para prevenir las humedades tanto del suelo como de las paredes. Además, se ha hecho una excavación arqueológica en la que se documentaron y limpiaron las criptas de la iglesia, vaciándolas y desencombrándolas. A su vez, se han conectado las criptas con la cámara de aire, para eliminar la condensación de humedad que se producía en su interior. 

También se ha instalado electricidad y megafonía en el templo; además de corregir y reparar los desperfectos que desvirtuaban el carácter del edificio y su construcción. Con la rehabilitación se ha conseguido recuperar el aspecto histórico original, documentado gráficamente en el archivo de Juan Temboury en fotografías tomadas en 1931. 

El obispo de Málaga ha destacado esta obra sobre una de las muestras más importantes del barroco malagueño, destacando que era el último templo que quedaba por reparar de los cuatro que de la época de los Reyes Católicos que hay en Málaga. 

Además, ha agradecido el apoyo del Ayuntamiento y abierto sus puertas no sólo a los feligreses, sino a turistas y todo aquel interesado en encontrar el valor del edificio religioso, "quisiera que se conociera más fuera", emplazando al Ayuntamiento a que lo incluya en el trabajo de promoción turística de la ciudad.