El Puerto Seco de Antequera está llamado a ser una de las infraestructuras logísticas más importantes de la provincia de Málaga, aunque su nomenclatura oficial llama a la confusión al no quedar muy claro qué tipo de función está llamado a tener. La calificación de puerto que recibe, pese a estar situado en un zona de interior, se debe a que la mercancía que se manejará en el mismo tiene como destino u origen un puerto de referencia, que en el caso de las futuras instalaciones antequeranas será el de Algeciras, que es uno de los grandes puertos europeos en el tráfico de mercancías. No obstante, los impulsores del proyecto, ya que se trata de una sociedad mixta con participación de capital público y privado, también pretenden que el de Málaga juegue un papel destacado para esta área logística que ocupará en el momento que llegue a su pleno rendimiento hasta 334 hectáreas de terreno.

Además, su ubicación suele estar junto a nudos ferroviarios de importancia, como es el caso de Bobadilla (Antequera), en el que confluirán en el futuro los dos ejes ferroviarios europeos que llegarán hasta Algeciras. De hecho, recientemente desde el Ministerio de Fomento se anunció que la modernización de esta línea de ferrocarril estará lista en un plazo de tres años y se destinarán los recursos necesarios para cumplir dichos plazos.

Las instalaciones tendrán una superficie de 334 hectáreas cuando esté desarrollado"El complejo acogerá la llegada y la salida de trenes de mercancías y camiones

De igual modo, este tipo de puertos de interior también suelen estar ubicados junto a importantes nudos de comunicación de carreteras, lo que permite combinar el movimiento de contenedores tanto con ferrocarril como con camiones. Algo que también reúne este punto, situado junto a una intersección de autovías que permite conectar con todas las grandes ciudades andaluzas o desplazarse hacia Madrid o el levante español desde este punto. Mientras tanto, en su interior el funcionamiento es parecido al que pueda encontrarse en un puerto, con zonas para la llegada de trenes y carga y descarga de contenedores, además de espacios para el almacenamiento de los mismos y la ubicación de las empresas.

Las instalaciones, además de la llegada, almacenaje y transferencia de las mercancías, también contarán con otro tipo de servicios para atender a dicho movimiento, desde los que necesitan los propios camiones, hasta hostelería o estaciones de servicios, entre otros.

En el caso de Antequera también se viene solicitando que dichas instalaciones puedan contar con su propio servicio de aduanas, lo que permitiría realizar la totalidad del proceso de entrada y salida en dichas instalaciones, lo que también supondrían un importante punto de descongestión para los puertos. En su definición oficial, desde la propia web del Puerto Seco se realiza una explicación sobre las funciones del mismo, señalando que "directamente conectado por vía férrea con los puertos y las principales áreas de movimientos de mercancías, funcionando como centro de concentración y distribución de cargas, tanto marítimas como terrestres, gracias a las conexiones viarias con las principales autovías y carreteras.

Sus funciones son la recepción y expedición de trenes, la carga y descarga de UTIs y el almacenamiento, transbordo, manipulación y acarreo de las mismas". Una centro logístico que se espera que genere varios miles de puestos de trabajo una vez que se encuentre a pleno rendimiento, y que contará también con la ventaja de estar conectado por AVE con las principales ciudades españolas, al contar ya con la estación de Santa Ana situada en las inmediaciones de los terrenos en los que se situará la futura área logística y cerca de la futura estación de Antequera.