El Ayuntamiento de Almonte no está conforme con los criterios de reparto de los fondos del Acuerdo por Doñana. Se ha establecido un tope mínimo no inferior a 4 millones de euros y un máximo no superior a los 8 millones, con lo cual le correspondería 8 millones. Las propuestas de la administración local no se han admitido y está dispuesta a llegar, junto al Ayuntamiento de Hinojos, a Europa para reclamar un "justo reparto".  El Consistorio reclama entre 18 y 28 millones de euros. Ha propuesto tres opciones: criterios territoriales, lo que supondría 28 millones de euros; un fijo de un 25% para cada municipios, 21 millones, y criterios de superficie, población y desempleo, 18 millones de euros.  

Desde el Consistorio se ha planteado, lo que también comparte el Ayuntamiento de Hinojos, estas tres opciones: la aportación municipal de superficies a espacios naturales protegidos en una proporción del 80% a la que se suma la aportación de población con el 20% restante; una segunda, una cuota fija del 25% del total de la ayuda, a la que se añaden los criterios de superficie y población en la misma proporción,  y una tercera opción, una cuota fija del 25%, a la que se sumarían los criterios de superficie, población y desempleo en una proporción del 77,5%, el 17,5% y el 5%, respectivamente. En el caso de Almonte, con lo estipulado actualmente sólo recibiría 8 millones de euros, lo que supone 300 euros por habitante.

El alcalde de Almonte, Francisco Bella, comentó que el Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico con el decreto de subvenciones para el espacio protegido que está en vigor "no puede hacer este reparto y tiene que cambiar el decreto, tiene que hacer un decreto nuevo donde se ampare para hacer el reparto lineal como el que se pretende hacer". El documento está en información pública, se terminó el 9 de abril el plazo de presentación de alegaciones. Almonte ha alegado y está a la espera y si no se atiende a sus peticiones, "lo único que nos queda es recurrir a la Unión Europea, cosa que haremos, lo estamos perfilando el Ayuntamiento de Almonte e Hinojos, y a través del Comité de Peticiones del Parlamento europeo vamos a presentar una queja formal y a continuación, protocolariamente, esa queja tiene que ir de oficio a la Comisión europea, que tendrá que iniciar una investigación, la denuncia es que se ha violentado el reparto de fondos europeos".

Comentó que "a partir de esa investigación, es más evidente que no hay un reparto lógico, sino político, lo que no encaja dentro de los fondos europeos, siempre tiene que tener un criterio de reparto objetivo, técnico, habrá queja al Gobierno español, que deberá dar explicaciones". En un periodo "de casi un año, posiblemente, el Tribunal de Estrasburgo, por comunicación de la Unión Europea, le diga al Gobierno español que tenga que dar un paso atrás". El alcalde recalcó que "los fondos tienen una caducidad en 2027" y podría haber riesgo de perderlos. 

Bella lamentó que la conservación de Doñana se quiera llevar a cabo siempre "con medidas de fuera, los criterios locales se han utilizado muy poco". Señaló que lo quedaba pendiente era el uso agrícola alrededor de Doñana. Recordó que en 2004 ya se hizo un primer acuerdo para hacer un estudio sobre la corona forestal de Doñana y ahora se está en proceso para intentar llegar a una solución.

En noviembre de 2023 hay una primera disposición del Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico con 70 millones de euros para los Ayuntamientos afectados, y hay Consistorios que han llegado a un acuerdo, pero quedan aún dos municipios, Hinojos y Almonte, que suponen el 65% del territorio del Parque Nacional. El alcalde de Almonte incidió en que no están de acuerdo con los criterios de reparto, "ningún municipio menos de 4 millones y ninguno más de 8 millones", sus propuestas junto a las del Ayuntamiento de Hinojos tienen que ver con el índice de territorialidad y de población, "son los dos criterios que utiliza la Unión Europea a la hora de aplicar fondos comunitarios en cualquier espacio protegido".

Del territorio del Parque Nacional y Natural de Doñana, de las 180.000 hectáreas, Almonte aporta 65.000 hectáreas, un 30%, lo que supone que el 76% del término municipal está ocupado por espacio protegido, "no es un reparto justo si no se considera ni el territorio ni la población. En términos de habitantes hay municipios que sin tener ni un metro cuadrado dentro del Parque Nacional o Natural van a recibir 1.300 euros por habitante y Almonte no va a recibir más de 300 euros por habitante, es un reparto totalmente injusto". 

Bella apuntó que los habitantes de Almonte "han hecho muchas renuncias". Se refirió a que el municipio tiene 56 kilómetros de costa, de los que sólo 4 están ocupados por urbanización, "la gente lo ha asumido", a lo que añadió que sólo "un 5% del término municipal está ocupado por agricultura" y que "las últimas mil hectáreas de regadío que han quitado de Doñana las ha proporcionado Almonte", éstas tenían una dotación de agua "de aproximadamente 7 hectómetros cúbicos, que han ido a parar a otras zonas de regadío del entorno de Doñana, más sacrificio no se pueda pedir".