CUANDO Felipe González y José Luis Rodríguez Zapatero mantenían una relación fluida, en aquellos días en los que Zapatero pedía consejo cuando acababa de ganar las elecciones y tenía que formar Gobierno -antes de que Zapatero sintiera celos de Felipe González y cortara el diálogo personal con él-, el ex presidente le sugirió dos nombres para cargos más importantes que los de algunos ministerios: Alfredo Pérez Rubalcaba para la portavocía del Congreso de los Diputados, y José Enrique Serrano para la Secretaría General de la Presidencia.

Al poco tiempo, efectivamente, tenían más influencia que la mayoría de los ministros: eran expertos en el funcionamiento de la Administración, cubrían las lagunas de muchos de los ministros que no sabían ni cómo se debía redactar una ley, y Rubalcaba conocía tan bien a los dirigentes de la oposición que era capaz de enredar y pelear con todos y cada uno de ellos para sacar adelante los proyectos de Zapatero. Tuvo además la inteligencia de mantener una excelente relación personal con su principal interlocutor, Eduardo Zaplana, con el que negociaba de todo en el Congreso o en la rotonda del hotel Palace, aunque después, en el debate, se trataban a cara de perro.

En esos dos años iniciales de Zapatero se iniciaron las negociaciones con ETA. Era un secreto a voces que Rubalcaba, que había pertenecido a gobiernos que había sufrido con brutalidad el terrorismo, no compartía la idea del presidente de que había un sector "bueno" dispuesto a negociar el fin del terrorismo, pero no pronunció una palabra contra la política del presidente y aguantó estoicamente las recriminaciones que llegaban desde la oposición. Cuando en abril de 2006 José Bono dimitió como ministro de Defensa, José Luis Rodríguez Zapatero nombró a José Antonio Alonso titular de esa cartera, abandonando Interior, y colocó a Rubalcaba al frente de ese ministerio. Su principal objetivo, acabar con ETA con la que el Gobierno, por otra parte, seguía negociando. Rubalcaba asumió aquellas negociaciones en las que tenía tan poca confianza y que llevaba personalmente el presidente del Gobierno. Fueron meses difíciles, a los que ETA puso fin con el atentado en la terminal T4 de Barajas el 30 de diciembre de ese año, a las veinticuatro horas de que el presidente, en su balance de fin de año dijera que la lucha contra ETA iba bien e iría mejor en los meses siguientes. Ese día apareció por primera vez el Rubalcaba con capacidad de decisión, drástico, con el don de la ubicuidad, pues el presidente, de vacaciones, tardó en presentarse en Madrid y fue el ministro del Interior el que dio la cara, se ocupó de los familiares de las dos víctimas mortales y visitó el lugar del atentado.

Desde entonces, como ministro del Interior, se convirtió en uno de los puntales del Gobierno. Implacable en la lucha contra ETA, en la que no admitió ya negociaciones de ningún tipo, cortó las alas a los que esperaban que podrían reconducirse las cosas negociando con el PP, con Federico Trillo, una reforma de la Ley de Partidos que impedía que el ala política de ETA encontrara resquicios legales para presentarse nuevamente a las elecciones. Y al mismo tiempo, utilizó todas las armas legales a su alcance para cercar a los terroristas, con la ayuda impagable de los franceses, que permitían a los cuerpos de seguridad españoles trabajar en su terreno sin problemas, y la ayuda impagable de Estados Unidos, que puso en manos de España toda su capacidad tecnológica para detectar a los miembros de la banda terrorista.

Aunque le provoca una profunda irritación esa sospecha, hay evidencias de que utilizó los mecanismos del Estado para arremeter contra el PP. O bien que amparó de alguna manera a personas vinculadas con ETA, aunque esa acusación le llena de indignación. Pero, mal que le pese, esa sospecha está ahí mientras no se aclare qué sucedió en el bar Faisán. Los hechos indican que uno de sus responsables, cuando iba a hacer entrega a ETA de una cantidad de dinero procedente del "impuesto revolucionario", fue avisado, desde un teléfono perteneciente a un miembro de la Policía, de que iba a ser seguido para detener al miembro de la banda al que iba a hacer entrega del dinero. Algunas fuentes de la lucha antiterrorista apuntan que con esa llamada se impidió la detención de un topo infiltrado en la banda, pero esa versión tiene puntos débiles.

Segundo punto oscuro: la sospecha de que, desde Interior se filtraron a determinados medios de comunicación parte de las conversaciones que la Policía Judicial habría grabado a personas implicadas en el caso Gürtel.

Hoy, todo el mundo le trata como presidente in péctore, sucesor de Rodríguez Zapatero. Él calla, afirma que defenderá que Zapatero sea candidato y que su objetivo es acabar con ETA. En eso está y se empeña con eficacia, pero es evidente que si Zapatero concreta su idea actual de no presentarse a la reelección, Rubalcaba moverá ficha.

Cuenta con importantes apoyos: los del felipismo, sector con el que mantiene una muy fluida relación y que sabe que a pesar de ser el principal colaborador de Zapatero, Rubalcaba defiende las políticas de Estado de Felipe González, la mayoría de ellas echadas abajo por Zapatero.