Julián Muñoz ingresó por primera vez en prisión provisional a finales de julio de 2006 por su implicación en el caso Malaya. Dos meses más tarde, un Juzgado de lo Penal ordenó la ejecución de la sentencia del caso Proinsa, de un año de cárcel y ocho de inhabilitación por un delito urbanístico por autorizar una licencia de obras en zona verde en el año 1999, y justo en ese momento empezó a cumplir condena. En junio de 2007, un año más tarde, también se decretó la ejecución del año de cárcel por el que fue penado en el caso Moansa.

Julián Muñoz, sucesor de Jesús Gil en la Alcaldía de Marbella cuando este fue inhabilitado fue elegido posteriormente en las urnas en mayo de 2003, aunque su liderazgo duró poco, por aquel entonces ya era el ex alcalde de Marbella con más delitos urbanísticos imputados en casi un centenar de procedimientos abiertos. El último se conocía esta misma semana.

Volvía a ser condenado, esta vez por la Sección Segunda de la Audiencia Provincial de Málaga, a siete años de inhabilitación para empleo o cargo público por prevaricación tras ordenar en 2002 la demolición de una construcción que había en unos terrenos que no eran de propiedad municipal para la construcción del parque El Delfín.

Durante aquellos 14 primeros meses en prisión como consecuencia de su implicación en el mayor caso de corrupción destapado en España, el caso Malaya, el magistrado inició una investigación paralela sobre el ex regidor por presunto blanqueo de capitales, en el que también estaban imputadas, entre otros, sus ex mujeres Maite Zaldívar e Isabel Pantoja.

Al mismo tiempo fue condenado en varios casos por cohecho, malversación de fondos públicos y por prevaricación urbanística relacionada con la concesión de licencias ilegales durante los gobiernos municipales del Grupo Independiente Liberal (GIL), como el caso Saqueo II o Monteverde que investigaba la Audiencia Nacional por presuntos pagos millonarios a beneficiarios que se desconocían efectuados desde las sociedades municipales del Ayuntamiento.

En octubre de 2008 se le concedió el tercer grado tras cumplir tres cuartas partes de su condena. De lunes a jueves dormía en la prisión de Alhaurín de la Torre, los fines de semana lo haría en su domicilio. En septiembre de 2009 Julián Muñoz quedaba libre tras haber cumplido tres años de cárcel por 18 condenas relacionadas con delitos urbanísticos.

Pero su libertad tenía los días contados. En diciembre de 2013 fue condenado a siete años de prisión y diez de inhabilitación por blanqueo de capitales, sentencia por la que también fue condenada su ex pareja, la tonadillera Isabel Pantoja. Muñoz volvía así a entrar en prisión.

Sobre el ex regidor de Marbella recaen actualmente siete condenas firmes por un total de 22 años de prisión, si bien la Audiencia de Málaga estableció que solo tenía que cumplir un máximo de veinte años tras la acumulación de penas por el caso Malaya, de los que ya ha cumplido 11, por lo que aún le quedan otros nueve años en prisión.

Entre las condenas firmes con que cuenta Muñoz se encuentra la sentencia del caso Minutas, donde también fue condenado el presidente del Sevilla, José María del Nido. En esta última sentencia se consideró probado que entre 1999 y 2003 Muñoz, como alcalde en funciones, y Del Nido, como abogado, idearon una trama para desviar en su beneficio dinero público del Ayuntamiento de Marbella.

Además, cumple otra pena de seis años y medio de prisión impuesta en el caso en el que también resultaron condenadas sus ex parejas, Isabel Pantona y Maite Zaldívar. Y la Audiencia Provincial de Málaga lo condenó a otros dos años de cárcel y 16 de inhabilitación por delitos de fraude y prevaricación en el marco del llamado caso Malaya. La última condena impuesta por el Tribunal Supremo fue de un año, un mes y quince días de prisión por fraude y prevaricación urbanística.

Debido a su estado de salud, sufría una patología cardiovascular, en mayo de 2016, el ex alcalde de Marbella abandonó el centro penitenciario de Alhaurín de la Torre y se incorporó al Centro de Inserción Social (CIS) de Algeciras para empezar a cumplir su condena en tercer grado y en febrero de 2017 la Audiencia Nacional accedió a su petición de cumplir lo que le restaba de condena en casa con un dispositivo de control telemático.

Una medida de la que disfrutó durante casi un año hasta que un vídeo en el que se le podía ver bailando sevillanas a altas horas de la madrugada le devolvieron de nuevo al CIS. A sus casi 70 años recién cumplidos, Muñoz cumple su condena bajo el control de una pulsera telemática.