La provincia de Málaga ha recuperado en las última décadas algunos entornos naturales. Sin embargo, comparte elementos negativos en su medio ambiente con el resto de la comunidad autónoma y el país. Recientes tragedias en forma de incendio, la cantidad de litoral malagueño que está ocupado por el ser humano o el efecto de productos agrícolas en su entrono son sólo algunos puntos someros que afectan a la fauna autóctona. En Andalucía hay una extensa lista de animales amenazados por la extinción. Algunas de esas especies pudieron estar en los montes, ríos, cuevas y litorales malagueños hace ya muchas décadas, otros aún se mantienen y una tercer grupo es posible que esté o que ya se haya desplazado hacia otros lugares. Aunque hay algunos animales que llevan décadas sin ser avistados o sus avistamientos no han trascendido de la comunidad científica, es posible que todavía vivan entre los malagueños. Casos como el fraile (un pez en peligro crítico de extinción), varios tipos de murciélagos, la foca monje o diversas tortugas no generan ninguna noticia positiva en lo últimos años, pero también es complicado certificar que ya dejaron de existir en la provincia.

El trabajo de biólogos y ambientalistas de las distintas asociaciones e instituciones está consiguiendo que se reintroduzcan o refuercen algunas especies autóctonas que están en peligro serio de extinción. Un ejemplo en Andalucía es el del denominado torillo andaluz, un ave que se dio por extinguida en la comunidad autónoma en este siglo XXI y cuyas últimas poblaciones ahora están en el norte de Marruecos. Hay proyectos para tratar de reintroducir este animal, aunque parece que será un proceso lento de negociación y ejecución con el país marroquí.

Otro aspecto que penaliza a los animales autóctonos son las especies invasoras, algo que se nota especialmente en las aves urbanas (la cotorra argentina desbanca a varias especies locales), o en los galápagos, donde la tortuga de Florida también causa estragos y desplaza al galápago local. La contaminación de las riberas de los ríos y del agua es clave en que se mantengan especies de peces, pero también aves, reptiles y mamíferos que viven en dicho ecosistema o su proximidades.

Según el Libro Rojo de los Vertebrados en Andalucía hay centenares de especies en peligro de desaparecer en la comunidad autónoma, decenas de ellas en la provincia malagueña. Algunas son marinas, por lo que sus avistamientos y controles son realmente complicados y a menudo se tienen noticias de ellas cuando se encuentran moribundas o ya fallecidas en la costa o en las redes de pesca. Cinco de las más llamativas y amenazadas de la provincia son: varios tipos de murciélagos, las nutrias, los alimoches, la foca monje o Hay otras especies que están en peligro de extinción en Andalucía o España, pero que hace demasiado tiempo que no se avistan en la provincia malagueña.

Nutria

Ejemplares de nutria captados en Andalucía.

La nutria paleártica es una especie que estuvo al borde de la desaparición en la comunidad autónoma en la década de los 80 del siglo pasado, después ha repuntado su número y ha ido colonizando algunos lugares. Solía ser un indicativo de la calidad de las aguas fluviales, pero en la provincia de Málaga, en los últimos años, se les puede ver en campos de golf o han sido vistas también en las proximidades del puerto de Estepona. Su población en el mundo no es de las que estén más al límite, pero sí que se considera una especie "vulnerable" a la extinción. Algunos ríos o pantanos cercanos a las sierras también cuentan con ejemplares.

Murciélago patudo y otros

La provincia de Málaga es rica en murciélagos y hay muchos tipos distintos de ellos. En Andalucía se da por extinto desde comienzos del siglo XX especies como el Nóctulo mediano, pero otras como el nóctulo pequeño tiene poblaciones muy reducidas en los montes de Cortes, serranía de Ronda y Sierra de las Nieves. Pero un caso peculiar es el del murciélago patudo. Se trata de una especie que sólo se ha avistado en un par de ocasiones en Andalucía durante el siglo pasado, y una de ellas fue al noroeste de la provincia, no lejos de Antequera. En la actualidad comparte categoría de animal en peligro de extinción como el lince ibérico o el águila imperial y hay un programa para su recuperación.

Foca monje del Mediterráneo

Es un animal en peligro crítico de extinción en el mundo. Hace ocho años se avistó un ejemplar de cría de foca monje en los mares griegos y fue fotografiado. Además, hace un par de años, en la parte turca del mar Egeo se confirmó que había una foca monje criando en una oquedad preparada para ello. Se han avistado ejemplares solitarios por las costas andaluzas de forma esporádica, pero no hay constancia de que estén viviendo en el territorio peninsular. Vive en aguas que están en la plataforma continental, a menudo parasita las redes de pesca y en el último medio siglo puede decirse que se ha ido de los mares españoles. 

Alimoche

La alarma con el alimoche saltó también en la península ibérica en los años 80. Tal vez las generaciones que crecieron viendo el experimento de Félix Rodríguez de la Fuente con el alimoche Gaspar tengan un buen concepto del animal, pero lo cierto es que en Andalucía sigue en peligro grave de extinción, después de que su población disminuyese bastante en los 90 por los venenos utilizados contra ellos, la explotación de canteras y alguna que otra presa que afectó a sus ecosistemas. Se trata de recuperar en algunos puntos en los que parece que está más asentado como en la provincia de Cádiz. En Málaga, hay alimoches en la zona del Guadalteba.

Camaleón

Ejemplar de camaleón en Málaga.

Un animal que tenía en La Axarquía uno de sus reductos más fuertes de Andalucía. Le gustan las zonas costeras con pinos o retamares, pero es muy sensible a la ausencia de matorrales o bosques en torno a la costa. Además, la presión de los humanos lo mantiene en niveles de número que no permiten sacarlo de la lista de especies amenazadas. Todo un símbolo de los pinares marítimos malagueños cada vez menos frecuente de ver.