La Catedral y el otrora Museo de Arte Sacro no son los únicos elementos que se han visto rodeados de debate en los últimos años por la inmatriculación realizada por la Iglesia. En Andalucía existen otros ejemplos relacionados con el registro de bienes inmuebles por parte de los responsables de otras diócesis, como el caso de la Mezquita-Catedral de Córdoba.

En el caso del templo cordobés, el Obispado inscribió el espacio cultual en el Registro de la Propiedad en el año 2006 bajo la denominación de Santa Iglesia Catedral de Córdoba. Asociaciones laicas han reivindicado que se revierta la situación que atraviesa actualmente el monumento religioso.

Un informe encargado por el Ayuntamiento de Córdoba revela que el templo nunca fue propiedad de la Iglesia. La actual vicepresidenta del Gobierno, Carmen Calvo, fue una de las autoras del documento hecho público recientemente y donde se detalla que "se han lesionado los intereses generales de la ciudadanía cordobesa", permitiendo presentar un recurso de inconstitucionalidad a esta inmatriculación.

Por su parte, el Obispado de Córdoba defendió que desde 1236 el templo es propiedad de la Iglesia católica, y recuerda que "la Abogacía del Estado ya señala que nadie cuestiona que Fernando III el Santo, tras la conquista de Córdoba, decide que la Mezquita sea consagrada y convertida en Catedral de la ciudad, y desde entonces la Iglesia es quien gestiona la misma, si bien colaborando con la misma en su conservación y mantenimiento, ya en la época moderna tanto el Estado como otras administraciones públicas, y ello dada su condición de bien de patrimonio histórico".

A ellos se suman también los casos en los que la Archidiócesis de Sevilla ha tenido que intervenir recientemente. La inscripción de la Catedral de Sevilla en el Registro de la Propiedad se produjo en febrero de 2010, incluyendo el patio de los Naranjos y la Giralda. En fechas diferentes se produjeron las de los templos del Salvador, la Magdalena, San Lorenzo y San Bernardo. En el caso de la diócesis de Sevilla no se inmatriculó ningún espacio público, por lo que sus responsables entienden que no existe riesgo de que el Gobierno de España efectúe ninguna reclamación. Dentro del territorio andaluz, la Catedral de Granada, así como diversos templos del centro histórico y el Albaicín de la ciudad, fueron inmatriculados por su respectivo arzobispado en el año 2015.